翁同穌日记》（即《翁文恭公日记》），起自咸丰八年六月二十-日，（1858年7月31日），迄于光绪三十年五月十四日（1904年6月27日），记叙了这一时期的许多重要史事和作者本人的思想，活动，内容相当丰富，被誉为晚清三大日记之一。据一些学者考证，翁同穌戊戌罢归后，为避忌讳，曾对日记中有关戊戌变法和维新派的内容作过删改。
《翁同穌日记》现有几种本子，最早的是1925年商务印书馆影印手稿本；1970年台湾成文出版社出版了由赵中孚整理的排印本，排印本据影印手稿对日记进行了整理，并加以断句标点，做了很多工作，但在辨字和标点方面，疏误不少，字句脱漏颇多；1973年台湾商务印书馆据1925年影印本缩印。此外，中国史学会主编的《中国近代史资料丛刊》中的《中法战争》，《中日战争》和《戊戌变法》，也都选录了日记的部分内容，且都是据1925年影印本摘录；江苏省常熟县图书馆藏有翁同穌光绪十八年任武殿试读卷宫期间的日记抄本，内容与已刊日记相同。
我们这次整理，以1925年影印本为底本，对原稿加以辨认、校订和标点。原稿的误字，凡能确定者，均加以改正，改正之字注于（　）内；脱字用表示；衍字用［　 ］表示；难以辨认的字用口表示；空字用……表示。原天头地脚多有增记之文字，凡能确定其与正文所记事项有关者，均移至相应之处；无关或不能确定者，天头文字置于该日记事之首，地脚文字置于该日记事之末，均排楷体字并加括号。稿中所记人名字号多用同音或音近之字，凡此均仍其旧。整理过程中，参考并吸收了已有成果。
翁同穌另有《军机处日记》（即《翁文恭军机处日记》），记事起自光绪九年二月初一日（1883年8月9日），迄于光绪十年三月十一日（1884年4月6日），1938年燕京大学图书馆据手稿影印，这次也一并加以整理，编入本书之末。

光绪九年癸未（1883年）
光绪十年甲申（1884年）
光绪十一年乙酉（1885年）
光绪十二年丙戌（1886年）
光绪十三年丁亥（1887年）
光绪十四年戊子（1888年）
光绪十五年已丑（1889年）