《中日关系史论考》所创建之初，确立了“立足本地，放眼世界；开门办所，促进交流”的基本方针，通过共同申请课题、举办国际会议、出国讲学进修、邀请专家讲演等方法，不仅与国内同行建立起良好的合作关系，成为国内日本文化研究的重要基地之一；而且开拓了与日本、韩国、欧美学界的交流渠道，为中国的日本研究与国际接轨作出了微薄的贡献。
本所创建以来，共主持省部级和国际科研项目约25项，在国内外产生较大影响的有：中日汉籍交流史研究（日本国际交流基金）、遣唐使时代的中日混血儿基础研究（日本住友财团）、遣唐使时代在中日文学中的投像（日本文部省）、中国图书馆藏日本版古籍的调查与研究（日本国际交流基金）、晚清中国人视野中的日本（中国国家教委）、明治前期驻日中国外交官与日本（日本住友财团）、东亚的书籍之路（日本国际交流基金）等。