为了更好地体现微生物学检验相关内容间的逻辑性、系统性和独立性，本教材共分为六篇，其中细菌学总论一篇，细菌检验的基本技术、细菌学各论及检验、真菌学及检验、病毒学及以检验、临床标本的细菌学检验等各论五篇。
教材围绕检验专业专科培养目标和教学特点，在借鉴第一版教材成功经验的基础上从多方面进行了有益的尝试，其主要特点为：①重点阐述科学概念和基本原理，并适当反映其新进展，在介绍检验方法或实验项目的同时，注意引入循证医学的观点。②为便于形态学检查教学的需要，尽可能多地配用了插图，并附以简明扼要的文字解释，使之生动活泼、图文并茂、易于理解。③在强调基本理论和基本技能的基础上，书中加强了对医院感染、微生态学和菌群失调症等相关内容的介绍和阐述。④为强化学生专业英语训练和培养学生的自学能力，主要专业名词注明英文，书后附了主要英汉专业词汇对照。⑤为方便教师和学生及时获取本本领域最新研究成果及信息，培养学生的自学能力，拓展思维空间，书后附录了有关参考文献以及与医学微生物学检验等相关的网站网址。