杨守敬在日本时，极意搜访古籍，见佳本，则以所携汉魏六朝碑版易之，撰《日本访书缘起条例》。及何如璋归国，黎庶昌继任，读杨守敬文，因有刊《古逸丛书》之仪，嘱杨守敬任其事。于是按日本人森立之《经籍访古志》诸目，不惜重价索之，竟十得八九，复有目所未载者一百馀种。及《古逸丛书》刻成，凡二百卷，二十六种。杨守敬为之跋者九种，详溯源流，辨别正误。光绪十年书成，识者叹为精绝。将所作题识选录补订，撰写《日本访书志》十六卷，凡二百三十七篇。
《日本访书志》十六卷，有光绪丁酉（1897）邻苏园刻本，一函八册，半页九行，行二十字。每篇各自起迄，无论所占板数之多寡，概不与他篇同板。这次整理即以此刻为底本。