第六战区，为进行津浦路北段的抗日战，1937年9月中旬军事委员会将第一战区所辖的冀省津浦路沿线和鲁南（黄河以北）地区划为该战区，以冯玉祥为司令长官。该战区进行了沧州、德州作战，10月因该地沧陷，战区遂撤销。
第九战区，1938年6月，为进行武汉会战，军事委员会将湖北长江以南，江西都阳湖以西，湖南全省划为第九战区，武汉卫戌司令部扩编成司令长官部，陈诚任司令长官。1939年初，陈诚任政治部部长，司令长官职由薛岳代理。同年进行了南昌和第一次长沙会战。10月，薛岳实任司令长官。同时将湘鄂西地区划归第六战区。尔后该战区进行了第二、第三次长沙会战。1945年初，该战区辖区调整为江西省。抗战胜利后，该战区在南昌、九江接受日军投降。