《中国农业产业链管理的理论与实践研究》的主要论点和创新之处在于：
1. 明确了农业产业链管理与农业化的区别与联系。
2. 提出了加强农业产业链管理的主要内容和途径。
3. 提出了加强我国农业产业链管理的战略与对策。
4. 对农业产业链管理理论以及国内外农业产业链研究的现状及成果进行了比较研究。
5. 通过农业产业链管理的若干行业和案例分析，就农业产业链管理理论在棉花产业、蔬菜产业、家禽产业、猪肉食品产业等领域的应用进行了探讨。