《高等学校的学术权力与行政权力》注重如下方法：（1）理论分析、历史分析和比较分析。（2）力图从多学科的角度综合思考问题，例如政治学角度、管理学角度、社会学角度。（3）为弄清我国高等学校中学术权力和行政权办关系的特殊性，研究中还注意理论把握方江与调查研究方法的紧密结合。
《高等学校的学术权力与行政权力》分为四个部分共六章。
第一部分主要是对学术权力和行政权力相关概念的界定，如权力、权威、权力主体、权力客体、学术权力等。
第二部分主要是理论分析，从高等学校的基本特性出发，分析高等学校的学术权力和行政权力的合理性与局限性、学术权力和行政权力的冲突与协调。这一部分为后面分析外国和我国高等学校学权力和行政权力关系的历史与现状以及改革思路奠定理论基础。
第三部分主要是分析国外高等学校学术权力和行政权力是如何产生、发展的，分析几个国家高等学校如何处理学术权力和行政权力关系，以及各自的关系模式，并试图找出他们的异同点及发展趋势，为我国改善高等学校学术权力和行政权力关系提供一些借鉴。
第四部分是对我国高等学校学术权力和行政权力进行的分析。首先，分析我国近代高等教育产生和发展中高等学校学术权力和行政权力的历史演进，并对建国后我国高等学校的学术权力和行政权力的失衡原因进行分析。其次，对调查获得的数据进行分析，以期望更清楚地把握我国高等学校中学术权力参与学校决策管理的现状。第三，着重分析在社会主义市场经济条件下，高等学校作为自主办学的独立实体，改善高等学校学术权力和行政权力关系问题将变得越来越突出。
本文从我国的实际出发，提出了构建我国高等学校的学术权力和行政权力关系模式，并对一些基本要点加以阐述。