《微生物工程》是由科学出版社组织全国11所高等师范院校从事微生物工程教学和研究的骨干教师、研究人员编写而成的, 在基本保持我国高等师范院校微生物工程教材的章节框架和内容的基础上,尽可能在内容上反映国际上本学科的最新概念和成果。《微生物工程》共3篇22章。上篇为微生物工程总论,包括微生物学概论、微生物的代谢调节与代谢工程、菌种分离筛选与育种、微生物发酵过程及控制等;中篇为微生物工程各论,包括抗生素、氨基酸、酶制剂、有机酸、核酸类物质、有机溶剂、酿造、环保等的发酵工程;下篇为微生物下游工程,包括固液分离、膜分离、离子交换、凝胶层析等工艺。