本书是为具有一定生物学基础的研究生编写的教材。本教材系统地阐述现代系统生物学的基本概念与研究方法，并教授学生联系实际进行科研实践。在介绍系统生物学原理与方法的基础上，分析学派间争论的焦点，探索其分歧的主要根源，并着重研究支序系统学的特征分析、系统发育关系重建等方法与技巧及其在生物多样性分析与保护、生物地理学、生态学、遗传育中学与寄生生物学等各种比较学科中应用。也希望进一步学会整合发生在生物不同层次中的理论、实验数据，并在整合的基础上提出能够刻画该系统不同层次的支序图或模型，用这种模型来预测系统未来可能发生的变化。本教材适用于生命学科、水产学科、地质、地理学科与环境学科的师生或科研人员学习、使用或参考。