《植物基因工程》是在《植物基因工程原理与技术》第一版的基础上，吸纳了近年来研究出的新基因、新理论、新技术，增补了大量内容，并进行重新审订、编写而成。从第一版的四篇20章增加到六篇39章。第一篇为植物基因工程的目的基因篇，共分8章，论述了近年来应用于植物基因工程的目的基因的结构、功能及应用；第二篇为目的基因分离克隆篇，共10章，介绍了目前国内外实验室使用的基因分离克隆的新技术及原理，包括了基因芯片和生物信息学在基因分离及基因表达分析中的应用；第三篇为目的基因转化篇，在第一版介绍的五大转化系统基础上增添了近年来研究的新技术，例如Positech TM筛选标记系统、人工染色体、多基因转化及质体基因转化技术等；第四篇是转基因植物的检测与鉴定，分设7章，主要介绍对报告基因及目的基因进行整合鉴定及表达的定时、定量、定位检测的原理及技术；第五篇共6章，系统地叙述了转基因植物的遗传特性和外源基因的表达调控机制及人工调控系统；第六篇为实验技术篇，汇集了目前国内外使用的几十个新的实验方法。书末还附有植物基因工程常用的实验资料与数据。