《中国药学菌种目录(2004版)》分为4个部分，即：细菌、放线菌、酵母菌、真菌，共36个属290个种。菌种的学名按拉丁字母顺序编排，每一学名附有中文译名。菌株号前冠有本中心的英文缩写( CPHCC)，对每株菌尽量注明其来源、特性、用途、培养基、温度。目录中分类单元的学名主要依据(Bergey's Manual of SystematicBacteriology》 第九版，蔡妙英等主编的《细菌名称》第二版（ 科学出版社， 1996年） 和《真菌名词及名称》（ 科学出版社， 1986年）。《中国药学菌种目录(2004版)》还包括5个附录：附录一：培养基，附录二： 菌株编号索引，附录三：菌株中文名称索引，附录四：抗生素中文索引，附录五：抗生素英文索引。
《中国药学菌种目录(2004版)》是在国家科技部科技基础工作专项基金的资助下出版的。