病原生物部分包括微生物和寄生虫。通过介绍病原生物的主要生物学特性、致病性和免疫性、常规的检查原则及特异性防治，使学生熟悉岗位工作中常见的病原生物种类、传播途径、致病因素和特异性防治原则，树立无菌观念，强化消毒灭菌理念。重点介绍现代感染性疾病中的常见病原微生物，如肝炎病毒、O157大肠埃希菌、HIV等；对人体寄生虫的介绍则突出实用性，以常见的人体寄生虫作为重点，注意知识更新。为扩大视野，加强学生的自学能力，教材中适当安排一些选修内容并以小字体排印。
免疫学进展快，实验难度大，故内容似较抽象，但“四新”层出不穷，知识点已渗透到临床各学科。本着“免疫学基础”的内涵定位，内容上紧扣岗位工作实际加以取舍，编排上注意循序渐进，主要介绍人体免疫系统的构成，现代免疫功能相关基础知识，免疫应答的概念、一般规律、应答产物及其与抗原性异物相互作用的特点，并简要介绍临床免疫学中最基本的概念与特点，重点介绍超敏反应的类型、防治原则及实际应用。