《上海防疫史鉴》记载的上海地区疫病及其防治情况资料均来自上海通志馆馆藏 20 世纪 80～90 年代编纂的《上海卫生志》和上海市各区、县志，以及民国以前编纂的数十部上海地区旧府、县志，《申报》影印本（1872～1949年）和《文汇报》电子版（1938～1999年）。《上海防疫史鉴》记载上溯明景泰五年（1454年），下至 1990年，前后跨越 500余年，详近明古。《上海防疫史鉴》分上、下两篇，上篇为市情篇，下篇为区县情篇。各区、县情况均以该志书记载时间为下限。按 1988年前上海行政区划建制设立篇目，各区、县排序，市区以地理位置为准，郊县以建置年代先后为据。