《新世纪日本语教程参考书(自学、教学用)》结构《教程》相对应，以每课为单元，由：词语应用、语法解说、Ｑ＆Ａ、三部分组成。《新世纪日本语教程》（以下简称《教程》出版以来，受到全国各高校日语学习者的普遍欢迎，在不到两年在时间里，先后印刷五次，以满足广大师生及日语自学者的需求。
“词语应用”选自该课新单词及练习补充单词和中的生点词语，以该词基本用法为主，举出二三典型用例，作为《教程》中该词用法的补充。此外，对实际使用时的应注意点和相关词语等予以提示。
“语法解说”是对《教程》语法项目的进一步延伸与扩展，范围上略广、难度上略深于《教程》。借此，旨在使教师厚积薄发，教学中做到应用自如;使学习者可了解该语法项目的全貌及其与周边语法项目的关联，触类旁通。
“Ｑ＆Ａ”以二外日语教学中出现的实际问题为主线，以问答的形式展开对有关日本文化、日语词汇、语法等方面问题的阐述，立意新颖，解答详实、风趣。相信它的受益范围会远远超出《教程》本身的使用者。