五四新文化运动，是自鸦片战争以来近80年中华民族觉醒的新阶段，是长期以来新旧文化、中西文化冲突的一次集中爆发。它出现于洋务运动、戊戌维新与辛亥革命之后，既是由此前70多年的历史呼啸而来，又是对这段曲折历史的反思。它以辛亥革命后的中国社会现实为认识起点，进而追溯到几千年历史凝结而成的文化传统，并对这种传统进行了总体性的理性批判。这次批判的矛头直接指向了宣扬三纲五常、忠孝节义的孔圣人及孔教。这次批孔，无论是广度和深度，都是前无古人的。毛泽东曾高度评价说：“五四运动所进行的文化革命则是彻底地反对封建文化的运动，自有中国历史以来，还没有过这样伟大而彻底的文化革命。”
在这场文化革命中，新文化运动的倡导者所运用的批判武器是什么呢?这就是民主和科学。陈独秀在1919年1月发表的《 罪案之答辩书》一文中说：“这几条罪案，本社同人当然直认不讳。但是追本溯源，本社同人本来无罪，只因为拥护那德漠克拉西(democracy)和赛因斯(science)两位先生，才犯了这几条滔天的大罪。要拥护那德先生，便不得不反对孔教、礼法、贞节、旧伦理、旧政治。要拥护那赛先生，便不得不反对旧艺术、旧宗教。要拥护德先生又要拥护赛先生，便不得不反对旧国粹和旧文学。”并且，他明确宣告：“我们现在认定只有这两位先生，可以救治中国政治上、道德上、学术上、思想上一切的黑暗。”自此，德先生与赛先生，即民主与科学，真正来到了中国。

序章　文明的断层与历史的板结
18世纪：文明断层线的出现
历史的板结：李鸿章难题与洋务运动的失败
1900年：世界与中国
第一章　1911年：辛亥革命同民主与科学
专制者的“改革”：他们在追寻什么？
1911年辛亥革命的民主：建共和、废专制、立民主
1911年与中国的科学技术进展
第二章　1919年：德先生、赛先生来到了中国
五四运动与德先生、赛先生
德先生、赛先生的旗手
第三章　1924年：国民政府的民主与科学
军阀混战时期的民主与科学
国民政府的战争与民主
国民政府的经济与科学
第四章　1942年：中国共产党的民主与科学
为民主与科学而斗争的中国共产党
……
第五章　1945年：民主与科学反对独裁迷信
第六章　1949年：民主与科学的冬天过去了
第七章　1956年：民主与科学的春天来了
第八章　1957年：春寒料峭
第九章　1958年：科学的“终结”
第十章　1964年：科学的再现
第十一章　1966年：民主与科学的酷冬
第十二章　1978年：民主与科学的第二个春天
第十三章　1984年：十二届三中全会同民主与科学
第十四章　1992年：十四大同民主与科学
第十五章　1997年：十五大同民主与科学
第十六章　2000年：回顾与展望