《2006中国投资报告》由投资形势、专题和附录三部分组成。形势部分由总体投资、电力投资、铁路建设投资、房地产投资和城市基础设施投资共5个专题组成。该部分对2005年的投资变动特征进行了分析，并对2006年的投资形势进行了预测。专题部分为我国投资的宏观经济效益分析。本部分对全国、不同行业、不同地区、不同所有制投资的宏观经济效益以及部分国家投资的宏观经济效益进行了分析，得出了一些与目前流行观点并不完全一致的结论。
附录部分收录了2005年以来的主要投资信息、投资领域大事记、投资法规目录等内容，使读者对2005年我国投资运行情况有一个系统和直观的认识。