《明清晋商制度变迁研究》将晋商的盛衰看作是一个制度变迁的过程，运用新制度经济学中的制度分析方法，对晋商制度变迁的主体、变迁的动因，以及制度的方式进行了系统分析，从理论上对晋商的发展脉络、运行机制、变迁规律进行了梳理和论证。建立了一个较完整的晋商制度变迁模式的理论框架，并对关系晋商兴衰的管理机制、组织系统、资本运营、信用博弈、交易成本、官商关系等做出了新的解释，归纳了制度变迁轨迹的内在运行规律。作者运用了规范分析与实证分析、制度分析与非制度分析以及历史与逻辑相结合等多种方法，对大量可靠的史料进行理论分析，使晋商研究得到进一步的深入。