本书重新编列划分为政务、军务、政法、外事、宗教、财贸、农务、文教八类，又在档案末尾附上原属衙门。八个类目是： 政务：此类收档案47件，内容以职官任免、奖励以及地方政务为主。其中收入了这批档案中仅有的四件明档案。 军务：此类76件，内容以海防、战事、地方营伍情形为主，有些是研究第一次鸦片战争的重要史料。 政法：此类收录档案150余件，内容大致可分为鸦片、刑事、辛亥革命三个方面。 外事：凡涉及中外政府之间相互照会、立约、进贡、外籍人员效力等皆归人此类，近200件，是香山清档中价值最高的部分。 宗教：此类69件，所录主要是天主教在中国传播的资料，而其中又以中国政府对传教的管理控制为主，多为地方大员向皇帝奏报办理天主教案情况的折子。 财贸：此类凡200余件，以税务与对外贸易为主。 农务：本类档案数量不很大，近50件，篇幅短小者居多。 文教：此类收入康熙至光绪年间部分小金榜、乡试题名录以及清晚期游美学生名单，总共近60份档案。