《玉函山房辑佚书(共5册)》主要内容：古代文献的散佚是历代学者从事研究时不得不面临的问题。于是有人通过现存书籍中引用的产，将散佚的文献重新搜辑、整理，以恢复文献原貌，这一工作即《辑佚》。一般认为，辑佚濫觞於宋。清代学者章学诚在《校雠廣義》中认为應始於南宋王應麟。有清一代，受修《四库全书》的影响，辑佚工作得以大规模展开，出现了大批辑佚书，其中就包括马国翰的《玉函山房佚书》。全书分经、史、子三編，七百多卷，辑佚书五百八十多种。该书印行时，又加上了马国翰所著的读书札记《目耕帖》三十一卷，形成了我们目前所见的《玉函山房辑佚书》。
马氏所辑，建立在丰富藏书的基础上。每种之前，他亲为作序，介绍该散佚情形舆辑佚来源。该书为学术研究提供了一定方便，因而受到了较高评价。清末李慈铭在其日记裹谈及此书为“古经解钩沉”及张介侯《二酉堂丛书》等为蓝本，而博稽廣搜，较之王氏《汉魏遗书》，详略远判”。然而如此洋洋巨制，有失審慎之处也是在所难免的。但就整理而言。《玉函山房辑佚书》仍不失为一部资料翔实的巨著。