《晚明佛教思想研究》结合晚明所处社会时代环境的思潮变迁，提出现实圆融与历史还源为晚明佛教思想的两大基本主题并以此诠释晚明佛教改革丛林、复兴佛教的演历过程。
从具体内容结构上，则较为全面而系统地探讨晚明丛林的禅学中兴现象、对净土信仰的全面皈依及其普世取向、佛教戒律复兴及其伦理诠释、晚明居士佛教的思想特质及其社会效应、晚明佛学与明代儒学的相互交涉及其对佛教经世这一思潮转向的影响、晚明佛学与阳明心学及其流变之间的思想异同、晚明佛教与道教及天主教之关涉等等。
最后，从对晚明佛教思想脉络的具体疏理、辨析中，阐释晚明佛教复兴思潮的困境所在。