《三代中央领导集体执政党建设理论纲要》在体例设计上，分成了十六个方面的问题，按照第一代中央领导集体、第二代中央领导集体、第三代中央领导集体和以胡锦涛为总书记的新的中央领导集体的先后顺序，对他们关于执政党建设的论述进行了摘录归纳。其中，邓小平既是第一代中央领导集体的重要成员，又是第二代中央领导集体的核心，为了能够反映邓小平执政党建设思想的全貌，对他作为第一代中央领导集体重要成员关于执政党建设的论述，全部与他作为第二代中央领导集体核心的论述放在了一起。另外，胡锦涛既是第三代中央领导集体的重要成员，又是十七大成立的新的中央领导集体的总书记，而且十六大以后执政党建设理论有许多新的发展，因此将他的有关论述单列为一个独立部分，并把他作为第三代中央领导集体重要成员的有关论述与这部分独立的内容放在了一起。