《普通高等教育"十一五"规划教材•有机化学》采用按官能团分类，脂肪族与芳香族混编的体系。在内容上通过相似类比法揭示各类有机化合物之间结构与性质的联系。具体内容包括：有机化学的内容、意义与方法，有机分子的结构与性质，脂肪烃，核磁共振与红外光谱，脂环烃，芳烃，对映异构，卤代烃，醇、酚、醚、醛、酮、醌，羧酸及其衍生物，脂类及相关的天然产物，羟基酸和羰基酸，碳水化合物，胺，氨基酸、肽、蛋白质和核酸，杂环化合物，合成高分子化合物等共18章。《普通高等教育"十一五"规划教材•有机化学》注意通过一些重大的典型的生态问题与有机化学的关系，为学生灌输绿色化学意识。为了更好地符合轻化、食品类专业的要求，《普通高等教育"十一五"规划教材•有机化学》经常提及一些化合物在这些领域的应用。