《中医历代药论选》全书分为综合论述和各论两部分。综合论述部分共收录药论162条，内容涉及药物的功效原理、采集炮制、类同比较等，主要阐述药学理论的共性问题。各论部分共收载常用药物615种，其中部分药物因源于同一本草(如枸杞、地骨皮)，或同类异种功用相似(如赤芍、白芍)，或因加工炮制而分为两种者(如生地黄、熟地黄)，为便于比较而合并论述，故实际为521种。每药下药论，按所出书籍的年代依次排列。原文所有夹注，有选择地收录有重要参考价值的内容，用括号标出；其余夹注略去，不加标注。