《心海禅舟•宋明心学与禅学研究》没有把王阳明纳入到写作范围，是考虑到有关王阳明的研究和成果已经太多了，笔者难以写出更新的内容来，因此没有单独成章，而是将其有关禅学和心学的内容分别列入各章中。
袁宗道提出以禅学诠释儒学．实际上是当时心学禅儒互释潮流的表现之一，《心海禅舟·宋明心学与禅学研究》对禅儒互释作为一个专题拿出来进行说明。明后期心学学者提出以心性统三教，以心性作为衡量的标准，不管是儒是释是道，只要符合心性就可。这种观念，是三教论的新成就。
另外，在明代有一个颇可注意的现象，就是心学向禅学的回流。历来研究者注意到的都是禅学对心学的影响，心学吸纳禅学的因素，但明末由于心学发展的成熟和影响的广大深远，使得佛教界的禅僧大德们到心学中来汲取营养，来提高禅学的地位。由于这个现象从来没有被研究者提到过。《心海禅舟·宋明心学与禅学研究》只是将这个问题提出来，以期待以后有更深入的研究。
《心海禅舟·宋明心学与禅学研究》主要不是从哲学概念的思辨人手．而是从历史和文学的角度来进行研究的，因此，《心海禅舟·宋明心学与禅学研究》更重视的是历史事实的描述。由于这些心学家都有或多或少的诗文存世，而这些诗文又反映出作者对心学和禅学的认识，因此，《心海禅舟·宋明心学与禅学研究》不仅仅把这些诗文当作写作的材料，同时某些章节也说明了禅学、心学对其文学创作、文学思想所带来的新因素、新变革。