《近代科学的发生及其相关问题研究》是作者多年来读书和学习的一个结晶。全书分为上、中、下三篇。上篇是作者的硕士毕业论文，写作是1994年的事。该部分的内容主要是阐述以牛顿经典物理学为代表的近代科学是如何产生的。它不是物理学思想史的简单回顾，而是用文化发生学的方法考察近代科学如何从西方的社会历史文化土壤中“生长”发展起来的；它强调古希腊哲学思维方式、犹太基督教文化和东方文明等因素历史合力的作用，展示科学与文化的互动关系，以便在更为深入的层面上理解科学及其思维方式。中篇是在上篇的基础上，阐述近代科学产生所引发的科学的认识论问题，属于科学认识论领域，是作者多年来在该领域学习和探索的积累。下篇是中篇的延伸研究成果，主要涉及科学及其精神与人文和社会科学发展关系等一些现实的热点问题。