《主体功能区的生态补偿研究》在总结国内外与“生态补偿”有关的基本理论、环境经济政策的各种研究成果的基础上，对我国生态补偿的各类实践进行了归纳，从地理学的视角出发讨论在区域之间进行生态补偿的基本原理，讨论与“区域外部性”相关的一些科学问题，并结合我国即将实行的主体功能区划提出实施生态补偿将要面临的体制机制问题。针对我国各地在流域上下游地区之间和部分资源开发地区所遇到的生态补偿问题进行集中的研究。 由于我国的主体功能区划是落实科学发展观的一个重大创新，协调区域关系是当前建设和谐社会的一个重大命题，“生态补偿”作为其中的一个政策手段，许多基础理论问题和体制机制建设问题亟待探讨，所以《主体功能区的生态补偿研究》将对各级政府制定相关政策提供帮助。