《医学源流论》所论内容广泛，个人观点鲜明，医论多不过干言，但阐述透彻，富含哲理，耐人寻味。充分体现了徐氏尊从辨证论治的学术思想，及其博学识广与丰厚的临证积累。其中某些篇章，如“用药如用兵论”论说格外精彩，广为流传，被后世视为论药佳作。《医学源流论》是一部流传甚广且颇有影响的医论著作，对当今中医临床有较大的参考价值。

卷上元气存亡论躯壳经络脏腑论表里上下论阴阳升降论治病必分经络脏腑论治病不必分经络脏腑论肾藏精论一脏一腑先绝论君火相火论诊脉决死生论脉症轻重论脉症与病相反论中风论臌膈论寒热虚实真假论内伤外感论病情传变论病同人异论病症不同论病同因别论亡阴亡阳论病有不愈不死虽愈必死论卒死论病有鬼神论肾虚非阴症论吐血不死咳嗽必死论胎产论病有不必服药论方药离合论古方加减论方剂古今论单方论禁方论古今方剂大小论药误不即死论药石性同用异论劫剂论制药论人参论用药如用兵论执方治病论汤药不足尽病论本草古今论药性变迁论药性专长论煎药法论服药法论医必备药论乩方论热药误人最烈论薄贴论貌似古方欺人论卷下司天运气论医道通治道论五方异治论病随国运论针灸失传论水病针法论出奇制病论治病缓急论治病分合论发汗不用燥药论病不可轻汗论伤风难治论攻补寒热同用论临病人问所便论治病不必顾忌论病深非浅药能治论愈病有日期论治人必考其验否论防微论知病必先知症论补药可通融论轻药愈病论腹内痈论围药论《难经》论《伤寒论》论《金匮》论《脉经》论《千金方》《外台》论《活人书》论《太素脉》论妇科论痘科论附：种痘说幼科论疡科论祝由科论兽医论四大家论医家论医学渊源论考试医学论医非人人可学论名医不可为论邪说陷溺论涉猎医书误人论病家论医者误人无罪论