《高致病性病原微生物危害评估指南》内容包括SARS冠状病毒、引起肺综合征汉坦病毒、HIV病毒等的评估。从病原微生物的一般生物学特征概述、致病性和感染剂量、感染途径及潜在暴露结果、环境中的稳定性、被操作微生物的浓度和剂量的影响、自然宿主和易感人群、实验动物研究、实验室感染或院内感染信息、实验活动评估、重组DNA操作可能会扩大的宿主范围、预防和治疗措施、人员安全状况评估、评估结论等方面进行危害评估，基本涵盖了各个方面。