本书共16章，可分为4大块，第一部分是基因工程的基本原理和操作步骤，包括第二章(基因工程工具酶)、第三章(基因工程载体)、第六章(基因组文库的构建与目的基因的获得)、第七章(DNA体外重组与基因转移)、第八章(重组子的筛选与鉴定)和第九章(外源基因的表达)；第二部分主要讲述基因工程的应用，包括第十章(微生物基因工程)、第十一章(植物基因工程)和第十二章(动物基因工程)；第三部分主要讲述以核酸为主的各种分子操作技术，包括第四章(核酸操作的基本技术)、第五章(聚合酶链式反应)、第十三章(分子标记及基因芯片技术与应用)和第十四章(差异显示技术及其应用)；第四部分主要讲述生物信息学和基因工程的安全性问题，包括第十五章(生物信息学)和第十六章(基因工程规则、专利及安全性)。