《蛋白质:蛋白质相互作用方法与应用》共35章。首先介绍了信号转导和人类遗传学/药物基因组学等问题，并强调蛋白质——蛋白质相互作用在其中发挥关键作用。然后分三部分介绍了如下内容：6个基于标准分子生物学、生物化学和微生物学技术建立起来的、用于分析蛋白质——蛋白质相互作用的方法；6种鉴定和识别蛋白质——蛋白质相互作用的生物物理学方法；近期改进过的与GST沉降和免疫沉淀相关技术、两个补体系统、渐增截断方法、蛋白成束、高通量方法。最后讨论蛋白质——蛋白质相互作用数据的整合及模型构建，以及这些模型在临床治疗方面的应用。
《蛋白质:蛋白质相互作用方法与应用》内容详尽、具体，为蛋白质——蛋白质相互作用研究的关键技术提供操作指南，并提供大量识别和操作蛋白质的技术和相关综述，覆盖了迄今最完全、最有效的分析蛋白质——蛋白质相互作用的技术及原理，从理论的阐述到相关方案的列举和比对，包括经典的分子生物学、生物化学和微生物学方法、生物物理学方法、计算分析和相互作用模型的构建等，系统性好，浏览方便，是生命科学研究者很好的工具书。