《制度变迁与中国二元经济结构转换研究》指导中国二元经济结构转换的理论也必须与中国实际相结合。与经典的二元经济结构不同，中国经济除传统农业与现代工业之外，还有大量的农村工业，农村工业在中国经济发展中发挥了重要作用，将来还将继续发挥作用。中国二元经济结构转换是随着工业化、城市化和农业现代化发展，城乡差距逐渐缩小并最终消除的过程。由于中国农村人口众多，综合素质较低，因此，中国二元经济结构转换不仅仅是通过农民进城变成工人来完成。在城乡差距缩小的过程中，农村工业的发展和农村城镇化扮演着重要的角色。二元经济结构转换是发展经济学长期关注的重要问题。经济学家们提出了各种二元经济结构转换模型，在一定程度上揭示了二元经济结构转换的规律，但也存在各种缺陷。理论模型的指导作用是不可否认的，但照搬某种抽象的理论模型却难以解决现实问题。
不可否认，在中国城乡二元经济结构转换中，资本积累、技术进步固然是重要条件，但制度变迁更是基本前提。工业化不仅仅是在资本积累基础上的现代工业的发展，还包括微观经济主体的塑造，企业家的培养等；工业化顺利推进不仅是供给能力增强，还要有需求的相应扩大；中国的城市化必须以城乡居民就业制度、户籍制度、社会保障制度等的改革为前提；促进农村经济发展必须再造农村微观经济主体；实现城乡协调发展必须进行财政、金融制度的创新。