《南方地区文物保护与水环境治理》选择了中国南方七个全国重点文物保护单位作为剖析的案例，这七个专题研究对象涉及早期城址、晚期古城、古水利工程、古矿业、古村落，具有一定的代表性。课题组在调查研究的基础上对遗产与水环境的历史和现状进行了分析，并提出了治理思路。在实地考察调研与文献研究相结合的基础上，运用考古学、历史学、水利学、建筑学、环保学等相关学科的理论，区分不同的文物类型和特点，采取分类研究的方式，分别针对早期聚落和城址，晚期政治、经济、军事性质古城，古矿山，明清古村落等几大类代表性遗产的保护与水环境治理提出应对策略和保护思路；通过深入的研究，我们清晰地看到，研究文物保护与水环境治理关系，必须从保护文物的自然环境大视角来考虑，必须与文物所在地的生物与非生物环境状况紧密结合。另外，《南方地区文物保护与水环境治理》还着重强调了做好文物保护规划和环境保护规划应遵循或关注的一些基本问题，并在科学发展观指导下，针对南方地区文物保护与水环境关系中一些带有全面性、规律性的问题提出了一些理性的思考和建议。