《主体功能区生态补偿》系统分析了国内外有关生态补偿的主要文献和案例；提出了主体功能区生态保护的区际和区内、私人和公共等多重外部效应等问题，建立了生态补偿的理论框架；研究了自然资源产权的初始设置对生态补偿的主体和对象以及社会公平的重要影响；探讨了包含生态破坏的自然资源全价格频谱，为主体功能区生态修复补偿机制确立了相应的补偿标准、补偿方式和补偿政策。