《转型发展经济中产业集群的起源与演化》重点从转型发展经济中产业集群的产生规律与演化规律中，追寻产业集群的不断自我提升的动态能力。传统经济地理学者研究的注意力，主要集中在运输成本和劳动力集中形成的成本节约对于经济活动的地理集中的重要性上；但产业集群的研究，则把精力集中在劳动力市场的共享、专业化附属产业、技术外溢、组织间治理机制等知识共享机制对产业集聚的解释力上。简言之，产业集聚主要研究规模经济和范围经济的空间作用，而产业集群则主要研究知识共享机制的空间作用，这是产业集群与产业集聚的主要区别。
产业集群的研究路线，基本是遵循对产业集群特殊机制的理解而不断发展的。从新产业区学派把产业集聚与产业集群混为一谈，到学习型区域学派专注地研究区域性意会知识的作用，可以清晰地看出这条理论发展的脉络。
作为转型经济体，中国最大的特征是市场化转轨。市场化的过程往往与产业集群的产生与演化过程交织在一起。笔者认为，产业集群的产生，往往与工业化过程的启动合为一体；而工业化过程的启动，对于后发展经济体来说，则主要靠外部市场的带动。其关键环节，是具有潜在比较优势的地区首先要对外部经济体进行开放，这不仅意味着引进外部资金、技术和管理经验，更主要的是意味着本地比较优势的发现。市场的一个主要功能就是“市场发现功能”，这正是约瑟夫·熊彼特所提“开辟新市场”的一种“创新”，也正是比较优势理论在转型与发展经济体中的另外一种奇妙涵义和指导作用。在开放的经济中，相对落后地区的人们积极或被动地参与外部经济活动，可能会在无数次的试探过程中突然发现一些赢利机会，而这些赢利机会必须和本地具有潜在比较优势的资源结合在一起。这样，市场发现就会催生返乡创业，于是，工业化就在开放过程中的市场化中启动了。因此，从这个角度说，没有开放就没有市场化，没有市场化就没有工业化。
返乡创业大多集中在具有比较优势的本地资源的加工利用上，多是一些技术含量较低、容易进入的劳动密集型或资源密集型产业，进入和模仿就相对容易。在返乡创业成功者的带动下，一些社区邻里就会群起仿效。于是这种“创业”-“模仿”的社区效应就会催生本地加工业基地的形成。根据杨小凯的分工专业化原理，当分工的交易成本低于其好处时，新的分工形式就会产生。因此，随着经济活动的日趋活跃，在分工规律的作用下，加工业基地的弹性专业化生产体系——建立在不可编码信息基础上的地方化信用体系与合作体系——就会慢慢形成。这就是初级产业集群的产生与发展过程。
随着参与全国和全球分工体系程度的加深、竞争的加剧，生产过程将会很快地向研发过程延伸，产、学、研之间的合作将会不断加深，随着科研院所和科研力量与工程师们的结合，地方化的科研信息和知识利用渠道就会慢慢形成。于是，高级产业集群就诞生了。