《创新网络的结构及其与知识流动的关系》的主要特点在于：第一，提出了创新网络的动态学仿真模型，再现了创新网络的形成与演化过程，考察了网络演化过程中不同类型的角色在创新网络中的作用，并模拟了环境动态性的变化、政策调控对网络演化的影响。
第二，通过网络生成法构建了正式创新合作网络和非正式创新合作网络的演化模型，在此基础之上提出了演化网络的结构谱系，并探讨了各种类型网络的稳健性特征、演变特征以及这些特征与创新网络所在实体的映射关系。
第三，探究了不同网络结构上的知识流动的性能差异，基于合作生产的思想实现了对正式创新合作网络上知识流动的建模，基于网络类传染的思想实现了非正式创新合作网络上知识流动的分析，揭示出网络结构对知识流动的影响关系。
第四，引入知识差异度和创新率两个因子，进行了知识流动对网络结构的反向作用的建模分析，并分析了知识同化对不同结构型网络的影响，提出了节点、关系和结构的分析框架，借此初步探讨了网络的创新特性。
《创新网络的结构及其与知识流动的关系》采用了基于非线性系统思想的网络研究方法和计算机仿真手段，所获得的结论对提升企业的创新能力和产业集群的稳健性及创新性有着积极的影响。