《医学微生物学(第2版)》在第一版的基础上，借鉴了如由Brooks GF等主编的Jawetz，Melnick&Adelberg's Medical Microbiology（24th edition）等国内、外著名医学微生物学教材的内容编写而成。全书分细菌学、病毒学和真菌学共3篇（38章），主要介绍了常见的各种病原性细菌（包括螺旋体、衣原体、支原体、立克次体和放线菌）、病毒和真菌的形态结构、遗传变异、感染与免疫以及诊断和特异防治等的基础理论和基本知识。在第一版的基础上，新增加了急性胃肠炎病毒和真菌学概论两章，还调整充实了有关实验室生物安全、抗菌药物种类与作用机制、肠球菌、噬菌体、细菌的遗传与变异、细菌的感染与免疫、医院感染、猪链球菌及人禽流感病毒等内容。在编写形式方面，增加了专业英语单词的词汇量，并在每章前附有英文摘要，每章后附有复习思考题，供双语教学和学生复习时参考。有些仅需了解的内容印成小号字体形式，并在书后附有索引、主要参考书目，以增加可读性。
《医学微生物学(第2版)》可供高等医学院校临床医学（五年制、八年制）、口腔医学、预防医学、法医学、护理学（五年制）等学生使用。