《生物工程专业综合大实验指导》主要分为菌种选育、微生物反应过程的优化与放大、生物分离与提取、定量分析四部分内容，书后摘编了与实验相关的附录与参考文献。编写中主要以部分微生物（细菌、放线菌和真菌）的筛选、发酵过程控制、产物提取与定量分析为主线，突出每个实验的基本原理、操作技能及数据处理方法。为适应“厚基础、重应用、高工程素质”的人才培育模式，目前，许多高校的生物工程专业均开设有综合大实验课程，教学用时为三周，《生物工程专业综合大实验指导》即可为此课程提供成套的综合大实验内容。