《系统科学视野下的知识产权》中的知识产权法理论研究中隐藏着深刻的体系基础认同分歧，集中体现为知识产权固有的意义感丧失，并具体表现为知识产权的基本原则异动、方向感丧失、基础概念分歧，以及工具主义流行等情形。而其产生有着自身和时代的原因。知识产权研究需要正确的认识论和方法论作为科学理性的保障，而知识产权的复杂性及其研究的现状，彰显系统科学这种复杂性思维对于科学理性保障的必要性和重要性。知识产权与系统科学之间存在天然血亲关系和同质性。对于知识产权对象正确界定的关键是在“关系”意义上正确认知其本质，知识作为权利对象的本质是“信息有序组合”。知识产权制度对于创造性要求，有其必然性、实然性和应然性。知识产权的私权性质，只有在有机整体观上才能得到正确的理解。
就知识产权制度而言，其正义与否之间的对立尖锐性在系统观的基础之上将被削减，这是一种超越“工具主义”的解读。应在剖析财产权劳动理论、人格理论和激励论的传统内容的基础上，补充以系统观为基础和核心的理论内涵。
总之，将系统科学方法引入知识产权研究，突出了系统科学与知识产权之间的天然血亲关系对于知识产权研究的直接指导意义，克服机械整体观的局限，契合“面向主体和科学”的哲学思想朝向，可为知识产权“认同何以可能”提供一种解决方案。