《晚年毛泽东的艰苦探索》别具特色的逻辑结构就显示了其分析和研究的客观态度。整部著作分上中下三篇。“上篇”阐明晚年毛泽东探索的历史过程以及毛泽东晚年的思想轨迹与晚年实践曲折发展的关系，“给读者提供宏观的历史描绘和全景观的丰富历史画面”。“中篇”探示了“毛泽东晚年探索过程中提出的社会主义理论的整体内容和深层底蕴”。“下篇”则从哲学的层面上对探索中的许多重大问题进行理性剖析。