《我国刑事法治重大理论问题研究》通过对具体案件的分析，对罪刑法定、无罪推定、刑讯逼供、定罪根据、量刑根据、死刑的国际标准、再审程序、二审程序等刑法学的基本问题进行了研究，对我国刑法理论的发展具有积极的借鉴作用。
全书共分十二章，其中章与章之间的诸多内容都是相互依存、不宜割裂的完整体系。每一章的内容都以佘祥林案为线索，分析刑事司法实践中造成冤假错案的制度和观念上的原因。
《我国刑事法治重大理论问题研究》以佘祥林案件为出发点，从刑事实体法和程序法的双重视角探究导致佘祥林案成为错案的原因，内容涉及整个刑事司法实践中所普遍存在的疑难问题和重大理论问题。