《区域生态补偿的方式探讨》整理了我国在国民经济和地区经济发展过程中形成的各种生态与环境问题，在此基础上，对国家即将实施的主体功能区划进行基础理论研究，包括“功能区”和“区域外部性”等内容；阐述一般意义上的“生态补偿”与“区域生态补偿”的关系，从我国经济社会发展面临的三个历史性局限出发，提出国家实施区域生态补偿的理论基础；从中央政府财政转移支付和政府直接投资两个方面阐述国家实施区域生态补偿的基本方式；围绕“区域责任”和发挥市场在资源配置方面的基础力量等问题，阐述另外两种区域生态补偿的方式，即区域之间的“土地置换”和“生态交易”。同时，《区域生态补偿的方式探讨》总结了同外人口迁移的事例，系统分析了人口迁移与地理环境、区域发展的关系，并提出：在我国，农村人口城市化是人口迁移最重要的形式和内涵。
《区域生态补偿的方式探讨》可用作高等学校地理学、环境科学、应用经济学等专业的本科生及研究生教材，也可作为制定政府政策人员的参考书。