《中国都市圈创新体系》以技术创新理论、创新体系理论、系统科学理论、区域经济理论等为理论基础，针对上述问题，主要从以下方面展开了系列研究：（1）提出了都市圈创新体系的概念，分析了都市圈创新体系的内涵、功能，构建了都市圈创新体系的基本理论框架。（2）对国际主要大都市圈进行了比较研究，归纳提出了四类典型的都市圈创新体系模式，即：以纽约、伦敦为代表的综合知识创新型创新体系；以硅谷为代表的风险创业型创新体系；以东京为代表的学习赶超型创新体系；以新竹为代表的园区载体型创新体系。探讨了这四种模式对我国都市圈创新体系建设的启示与借鉴作用，对我国都市圈创新体系的发展模式选择进行了思考。（3）基于都市圈发展理论和区域创新体系理论，对都市圈创新体系的创新组织与创新体系本身的演化进行了分析，包括都市圈创新体系的环境层面、核心层面以及特征层面的结构和特点，指出了各个层面之间的系统关系，并以长三角都市圈创新体系为例进行了分析。（4）基于我国都市圈创新体系的创新环境要素、核心要素和特征要素，构建了都市圈创新体系的评价指标体系和评价模型，根据有关统计数据对长三角、珠三角、京津冀、武汉和成渝大都市圈创新体系进行了评价与比较，分析了存在的主要问题。（5）基于增长极理论、竞合理论和博弈论，探讨了大都市圈创新体系的要素整合机制与配置方式，强调通过对都市圈创新体系要素的重组，相互联系与渗透，以发挥整体系统最大功能，实现整体最大效益。（6）以长三角都市圈为例，构建了长三角统一技术市场结构模型，从交易主体行为制约机制、技术中介组织机制、统一信息系统运行机制和统一市场监管机制等方面对长三角技术交易市场运行机制进行了初步设计。