《张之洞与清末新政研究》就是李君在博士后研究期间的研究成果。这项研究以本所所收藏的张之洞文书档案为基本依据，参考第一历史博物馆所藏新政档案和中外各类资料、著作，以清末新政时期制度变革为切入点，着重考察张之洞在新政时期各项制度变革过程中对清末中央决策的参与及其影响，动态地观察清末新政从决策到实施的全过程，包括对学制、经济体制、军事体制、法制和政治体制方面，张之洞不仅在湖北身体力行，做出典范，而且对中央决策有着重要影响。尤其是《主稿江楚会奏变法三折》和《预备立宪和体制变革》两章。