《中国上市公司投资者保护研究报告(2006-2008)》共分10章：第1章主要从国家、地区和公司三个层面分析影响中国上市公司投资者保护的制度安排；第2章确定构建中国上市公司投资者保护指标体系的理论基础和原则，尤其是各个层面所选择的指标；第3章介绍了各项数据的来源、收集方法以及不同类别指标的得分度量方法；第4～6章分别就法律和证券市场监管、地区治理环境和公司治理对投资者保护影响的结果进行分析和评价；第7～9章从产权、区域和行业分布的角度对上交所上市公司公司治理指数Top100、深交所主板上市公司公司治理指数Top100和深交所中小板上市公司公司治理指数Top50做进一步的分析；第10章是在前面分析的基础上提出若干政策建议。