《深化中国垄断行业改革研究》以新兴的管制经济学为基本理论，以科学发展观为指导，理论联系实际，研究讨论了电信、电力、铁路运输、民航、邮政、自来水和管道燃气等具有网络性的自然垄断行业。先从垄断行业的经济体制、基本制度和运行机制的角度，分析科学发展观与垄断行业改革相关性；在回顾垄断行业改革历程的基础上，分析垄断行业改革的基本特征和当前存在的主要问题；重点探讨了深化垄断行业改革的基本思路。接着从促进垄断行业竞争、鼓励非公有制企业进入垄断行业、完善垄断行业价格形成机制、落实垄断行业的普遍服务、形成垄断行业有效管制体制、构建垄断行业改革绩效评价体系等六个重要方面，对如何深化垄断行业改革作了专题研究，为基于科学发展观深化垄断行业改革提供较为系统的政策思路和具体政策措施。