《明清海疆政策与东南海岛研究》在吸收学界已有研究成果的基础上，试图对东南诸海岛进行比较研究，分析其共性与各自个性。探讨海疆政策演变中海岛的开发进程，突出海岛特色，尽可能寻找历史与现实联系，注重对当今社会问题有借鉴、启迪意义的方面。
《明清海疆政策与东南海岛研究》采用的资料包括正史、实录、政书、别集、方志等。又从东南海岛的地方志入手，将选取的资料进行归类、标点、辑注、评析，编成《明清东南海岛资料选编》。梳理这些史料，既为课题研究提供相对翔实的资料，也对挽救、保护这些资料作了些许努力。
希望《明清海疆政策与东南海岛研究》对海洋世纪的海岛管理提供有益的启示，对开发、利用海洋资源有一定借鉴意义。