《英日汉植物学词汇》名词部分均按英日汉顺序排列、名称部分按拉日汉顺序排列。其中英文词汇均按字母顺序排列，拉丁科名则按纲名归类排列。《英日汉植物学词汇》的后面编有日语词汇假名索引，以五十音图的顺序排列，每个词条后面注明这个词的正文页码。读者可由本索引查出与日语词条所对照的英文词条和汉文译名。此外，为方便初学日语的读者，还编有日语汉字笔画索引，以便于日语汉字的查阅。