除了绪论和结论，《日本对华日元贷款研究:终结的内幕》主要由两个部分构成。首先第一部分从日元贷款的发展趋势来分析其费用与效果的关系变化，从而总结其终结背景；接着，第二部分析日本于2005年这个时间点决定终止对华日元贷款的原因，阐明日本外相町村信孝在终止对华日元贷款的决策中所发挥的作用。
第一章与第二章属于第一部分。第一章分析对华日元贷款在中国经济建设以及中日关系的发展上所发挥的效果，确认对华日元贷款在过去30年问对中日关系和中国经济的发展所发挥的积极效果。在此基础上，第二章从30年来对华日元贷款的发展趋势中总结并阐述对华日元贷款的终结原因，即对华日元贷款的费用与效果的不均衡化。
正如一些学者所言，中国经济发展、日本经济低潮和长期财政赤字、日本国内的“中国威胁论”和对华0DA批评意见，这些构成了对华日元贷款结束的主要背景。诚然，日本经济财政状况的恶化和对中国的批判等，对于对华日元贷款的继续实施来说构成了一种政治经济上的负担，或者说“费用”。然而，这些“费用”的存在并不能全面地解释对华日元贷款的终止。因为，就算“费用”很大，但是如果可以达到预期的“效果”，那么作为理性行为体的日本政府仍然会继续实施大规模的资金援助。要回答这些问题，探寻日本政府做出终止对华日元贷款决定的深层次原因，就有必要立足于从20世纪70年代末对华日元贷款实施以来的国际形势以及中日双方的内形势的变化，从对华日元贷款的发展大趋势来分析。