《排污权交易机制研究》由“上篇”和“下篇”组成。上篇为总论，主要包括5章：一是“排污权交易机制的理论与实践”，着力回答“是什么”和“怎么样”；二是“建立排污权交易机制的必要性分析”，着回答“为什么”；三是“建立排污权交易机制的可行性分析”，着力回答“行不行”；四是“排污权交易机制的总体框架构建”，着力回答“应该是什么”；五是“实施排污权交易机制的保障措施”，着力回答“如何可行”。
下篇为专论，主要包括5章：一是“排污权初始分配与有偿使用研究”，着力研究排污权交易的“前提”问题；二是“污染源排污核算与监管体系研究”，着力研究排污权交易的“监管”问题；三是“排污权交易模式的比较研究”，着力研究排污权交易的“模式”问题；四是“排污权交易平台构建”，着力探索建立排污权交易机制必不可少的“平台”；五是“排污权交易的法律保障体系研究”，着力研究排污权交易的“法规”问题。