在水利部办公厅的组织下，水利部发展研究中心词表修订组认真研究，多方调研，广泛征求部内外专家和各司局、直属单位、各省水利（水务）厅（局）意见，坚持尊重科学、尊重原词表的原则，遵照国家标准GB/T 19486—2004《电子政务主题词表编制规范》，参考国务院公文主题词表，在2000年版的基础上编制并更名为《水利公文主题词表》。此次修订版纳入了水利行业技术标准范畴，标准编号为SL/Z 347—2006。
《水利公文主题词表》共6章27节，主要技术内容包括：总则、标引说明、主题词表说明、主表、范畴表和附表。其中，主表收录主题词1994条；范畴表将主表收录的主题词按18个范畴编制；附表收录水系、水利工程和行政、地理区划类主题词570条。本次修订工作，对原词表的每一款主题词均作了详细认真的研究，删除了诸如营业、自由、团体、支前、四化等词，删除量很小。但由于经济社会和水利的快速发展，新增词量较大，其中主表增词620条，增加45％；附表增词220条，增加63％，总增词840条，增加近49％。